Geographe Bay sert de couloir de repos critique pour les baleines à bosse parcourant l'itinéraire de 10 000 kilomètres entre les zones d'alimentation de l'Antarctique et les eaux de reproduction tropicales au large de la côte de Kimberley. Entre fin mai et début décembre, les groupes s'attardent dans le chenal de 40 mètres de profondeur de la baie pour allaiter les baleineaux, effectuer des sauts synchronisés et se reposer avant la poussée finale vers le sud. L'arc d'eau abrité entre Cape Naturaliste et Bunker Bay crée un amphithéâtre naturel où l'activité en surface reste visible à des distances dépassant deux kilomètres, et l'absence de courants forts permet aux mères et aux baleineaux de se déplacer à un rythme tranquille inhabituel sur les routes de migration en haute mer. La position de Dunsborough sur la rive nord de la baie place les points de départ à moins de quinze minutes des zones de concentration documentées de cétacés, réduisant le temps de transit et maximisant les fenêtres d'observation sur l'eau. Les opérateurs lancent leurs navires depuis la rampe de mise à l'eau Professional Fishermans à Quindalup, une installation à surface dure qui accueille des navires allant des pneumatiques rigides aux catamarans à deux coques. L'orientation orientale de la rampe offre un abri matinal contre les vents dominants du sud-ouest, et le parking adjacent a une capacité de soixante véhicules, avec un accès supplémentaire pendant les semaines de migration de pointe en septembre et octobre. Geographe Bay Road relie le site de lancement à la Bussell Highway via une route à deux voies scellée, et une signalisation directionnelle est présente à l'intersection de Caves Road et à la bifurcation de la ville de Quindalup. Les observations de mammifères marins dans la baie suivent des modèles saisonniers prévisibles documentés par le Département de la biodiversité, de la conservation et des attractions depuis 1989. La migration vers le nord se produit de fin mai à juillet, caractérisée par des vitesses de déplacement plus rapides et une préférence pour les eaux plus profondes, les baleines privilégiant l'efficacité calorique. La migration de retour vers le sud domine d'août à novembre, les mères et les baleineaux nouveau-nés restant dans la baie pendant de longues périodes pour accumuler des réserves de graisse avant de traverser l'océan Austral. La présence maximale de baleineaux a lieu à la mi-septembre, lorsque les sauts en surface, les battements de nageoires pectorales et les comportements de « spy-hopping » atteignent des sommets annuels. Les opérateurs maintiennent une zone d'exclusion obligatoire de 100 mètres conformément aux directives fédérales sur l'interaction avec les mammifères marins, bien que les baleines s'approchent fréquemment des navires à des distances plus courtes de leur propre chef, en particulier les juvéniles et les sous-adultes curieux. Une excursion d'observation des baleines à Dunsborough part deux fois par jour pendant les mois de migration, avec des créneaux matinaux lancés entre 09:45 et 10:15 pour profiter de conditions de vent plus calmes, et des départs l'après-midi prévus à 13:30 pour coïncider avec l'activité accrue des baleines à mesure que la température de l'eau augmente. La durée des excursions varie de deux heures et demie à quatre heures selon les distances d'observation et les fenêtres météorologiques, et les navires transportent des hydrophones pour amplifier les vocalisations sous-marines pendant les périodes de repos lorsque le comportement en surface diminue. La proximité de la baie avec les eaux plus profondes du plateau continental signifie que les baleines franches australes, les orques et les globicéphales apparaissent comme des espèces secondaires sur environ une croisière sur douze, et les grands dauphins voyagent aux côtés des bateaux sur plus de la moitié de tous les départs entre octobre et mars.